Le Docking Moléculaire

Dans notre pays, le docking moléculaire est encore méconnu, j’ai eu l’honneur d’être la première étudiante « avec mon binôme » après mon promoteur ayant abordé ce sujet dans toutes les universités algériennes il y a de cela presque 3 ans et fière que mes recherches ont abouti à quelque chose qui prouve que les étudiants algériens ont un énorme potentiel qui pourrait développer le domaine de la recherche scientifique……

Lors de nos parcours de scientifiques, nous avons toujours entendu parler ou même pratiquer des expériences en mode « In vitro » ou même en mode « In vivo » mais avez-vous déjà entendu parler d’expériences menées en mode « In silico » ?

La science évolue de jour en jour et de nouvelles pratiques font révolutionner le monde de la recherche scientifique.
Désormais, la biologie moléculaire s’associe à l’informatique pour créer un nouvel univers de recherche, il s’agit de la bio-informatique qui a donné naissance au Docking moléculaire.

Mais qu’est ce que le Docking Moléculaire ?

Au lieu de passer des heures, des jours, des mois ou même des années dans un laboratoire à tester certaines molécules « souvent pharmaceutiques » dans le but de savoir si elles ont un effet thérapeutique bénéfique ou pas sur un patient, le docking moléculaire est venu métamorphoser la nature des processus de la recherche de molécules efficaces.
Il s’agit d’un ensemble d’approches informatisées dont les résultats se retrouvent in vitro et in vivo, dans des cellules voire des organismes modèles.
Le docking moléculaire in silico vise à prédire la structure d'un complexe moléculaire à partir des molécules isolées, ce qui est considérablement plus facile à mettre en oeuvre, moins cher et plus rapide que l'utilisation d'une des méthodes expérimentales de longue durée qui peuventt aboutir ou pas à de bons résultats.

Pour plus d'informations, je pourrai vous expliquer comment cela se passe.

Ce n'est pas dans la science qu'est le bonheur, mais dans l'acquisition de la science.

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Rima Br a écrit:

Désormais, la biologie moléculaire s’associe à l’informatique pour créer un nouvel univers de recherche, il s’agit de la bio-informatique qui a donné naissance au Docking moléculaire.

la premiere question qui me venait à mon esprit c 'est est ce que ce doking a une relation avec la modélisation moléculaire où on peut comparer deux molécules avec leur spectre de réactivité chimique structure disposition des atomes ,apport ou don d'électron....ce n'est qu'une petite idée si non j'ai hâte de voir la suite ...

Salam

Premierement je vous félicite pour votre travail, et ça fait plaisir que vous etes les premiers étudiants qui ont parlé de ce sujet en ALgérie,
A propos votre theme, je pense qu'il ne faut pas utiliser de l'informatique pour prouver vos recherches parce que je crois que l'informatique n'est pas fiable comme les vrais tests "in vivo" et "in vitro", on peut l'utiliser pour avoir des resultats des analyses des ADN.. mais pas pour faire des simulations des réactions chimiques dans une cellule.
Ce n'est que mon opinion et je vous dis pas que c'est pas bien, au contraire j'aime que vous continuez vos recherches nchalah et nous expliquez encore cette nouvelle technique.
Merci

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à Physiolog:Il est vrai que ces méthodes sont fiables à 99% mais il est nécessaire de tester les molécules choisies in vivo pour permettre de confirmer si leur usage est efficace.

Le Docking moléculaire est l’ensemble de méthodes algorithmiques et géométriques utilisées dans la création de molécules avec toutes leurs dimensions à l’aide d’un logiciel informatique.

Pour cela, de nombreux logiciels existent pour effectuer des criblages in silico,ça permet de prédire les molécules les plus complémentaires du site actif de la cible susceptibles de l’activer ou de l’inhiber.
Ce sont des programmes de calcul des énergies d’interactions entre molécules, ils permettent les modélisations moléculaires, les graphiques rapportés à des molécules biologiques….

Ainsi les molécules testées, peuvent être classées rapidement, et les plus intéressantes d’entres elles, seront retenues pour une étude expérimentale qui seule, permettra de valider ou pas leur action.
Ceci s’effectue à l’aide de ce qu’on appelle la PDB " Proteine Data Bank ". Cette dernière constitue la principale source de données structurales à partir de laquelle nous relevons les coordonnées atomiques x,y,z des molécules testées.

Dans mon projet de fin d’études, j’ai utilisé un logiciel informatique pour tester une molécule qui pourrait inhiber l’une des enzymes responsables de maladies cancéreuses.
Le résultat était plus que satisfaisant, après recherche,la molécule nous a donné un très bon résultat avec une configuration spatiale qui a montré une bonne superposition de l’enzyme avec son ligand qui est cette molécule.

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Merci pour l'expliquation Rima Br, c'est vraiment interessant.

Mais est ce que cette méthode sera utilisée plus tard dans les laboratoires?

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Il n'y a pas de quoi.
Cette méthode est largement utilisée dans les laboratoires européens et américains depuis des années déjà. Ce type de recherches se classe "Top secret" dans la majorité des laboratoires puisqu'il aboutit toujours à la découverte de molécules destinées à être commercialisées dans l'industrie pharmaceutique.

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ah ok j'ai bien compris

MErci

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filicitation rima

اتخذ طاعة الله تجارة تأتيك الارباح من غير بضاعة

wellah je suis trop fiere de toi chére rima , lah ibarek

et merci beaucoup pour le partage [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] border="0" alt="" />

La souffrance et la tristesse font partie de la vie. Elles vont et viennent sans prévenir, nous laissant constamment dans le doute. On ne peut rien y faire, juste attendre qu\'elles partent sans prévenir pour laisser place à la joie. Le temps passe si vite, ne perd pas une seconde pour ceux qui t\'ont blessé, ils n\'en valent pas la peine. Vis ta vie comme tu veux et ne te laisse pas marcher sur les pieds.

allah yberek fik
ça nécessite beaucoup d'efforts mais elhamdoulilleh, ça aboutit au moins à quelque chose.

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BRAVO RIMA! c'est un honneur pour nous tnx

Et un honneur pour moi d'être parmi vous. Merci.

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coucou tous le monde

alors la j ai de la chance est ce message est exclusivement pour RIMA car cette anneé j ai un projet a préparer son intitulé est :DETAILED ANALYSIS GRID BASED MOLECULAR DOCKING:A CASE STUDY OF CDOCKER-A CHARMm-BASED MD DOCKING ALGORITHM

Rima j ai besoin de votre aide m adresse msn est :azerty-best@hotmail.fr contactez moi please.

Merci

bonjour,

votre sujet est l'objet d'une publication en 2003 par Wu G, Robertson DH, Brooks CL 3rd, Vieth M. publié dans le Journal of Computational Chemistry.

l'article (de14 pages) est payant sur internet ... mais comme cadeau de mon 1er message dans ce forum, j'ai utilisé mon compte de laboratoire où je travail pour avoir ton article et je tu le laisse dans mon serveur pour que tu puisse le télécharger: [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]

bon courage

L'enseignement : apprendre à savoir, à savoir faire, à faire savoir

Hello chevalier brun !!!

comme je suis débutante sur ce forum je voulais savoir ou tu la posté (Article)???

Merci

re,
passe la souris sur le mot "ICI" dans mon message en haut, et tu va voir que il change de couleur c'est un lien clique sur lui et tu as l'article qui apparait

bonne lecture

L'enseignement : apprendre à savoir, à savoir faire, à faire savoir

Ah salut tous le monde, merci bien rima pour l'article, j'ai presque deux ans que je travaille sur des logiciels "in silico" (bio informatique) lorsque j'ai installé l'ubuntu un programme d'éxploitation sur mon ordinateur, j'ai trouvé des programmes de tester des molécules biologiques en enzymologie et autres, et même de construire une molécule d'ADN ou ARN pour avoir une bonne maquette pour mieux comprendre comment la transcription et la traduction se déroulent.

PRDXO²

salut,

oui avec ubuntu ( et il faut dire unix c'est mieux) il y a bcp de packages dédiés a l'analyse bioinformatique installés.
dans les laboratoires de recherche on travaille qu'avec sa ...
@ YOUCEFI Soufiane: tu travaille dans quelles domaine ? et dans quelle ville ?

pour les débutants j'ai donné un petit TP à mes étudiants sur l'utilisation d'un outil 3D
titre: manipulation des structures moléculaires en 3D avec un outil bioinformatique

voila le lien : [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]

amusez vous.
^^

L'enseignement : apprendre à savoir, à savoir faire, à faire savoir

merci bien chevalier brun pour le PDF, j'ai joué une fois par ce programme il est formidable.
je suis encore un étudiant en 4 année biologie option contrôle de qualité et analyse, en béchar algérie.

et ma curiosité qui ma mène à jouer hhhh avec ces types des logiciels d la bioinformatique et autant que je suis biologiste bien sur ça m'intéresse beaucoup.

PRDXO²

Merci Chevalier brun pour le fichier PDF.

Parfois,pour faire vite et simplifier certaines choses, nous sommes toujours en quête d'un logiciel facile à utiliser.
je vous propose Arguslab, un logiciel qu'on peut trouver gratuitement sur internet, et avec lequel on peut créer facilement des molécules à partir de la PDB.

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good!!!!!